英伟达详解 BioNeMo 推理运行时 BioIR：8 卡 H100 上 Boltz-2 折叠吞吐提升 2.90 倍，每 GPU 小时处理 5.85 万残基

英伟达详解 BioNeMo 推理运行时 BioIR，这是一个可在 GPU 上加速生物分子结构预测、同时保持纯 PyTorch 的 Python 库。在 8 张 H100 上对 1000 个人类二聚体靶点的对照测试中，BioIR 加速的 Boltz-2 每 GPU 小时成功折叠 5.85 万残基，是 torch 编译开源实现（2.02 万）的 2.90 倍。优化分三层：自定义 kernel 选择、CUDA Graph 捕获和基于 Ray 的副本扩展。它已支撑 AlphaFold 数据库扩容，覆盖 4777 个蛋白质组、约 3100 万个候选复合物。